Одной из наиболее распространенных трудностей при проведении МРТ является клаустрофобия — страх замкнутых пространств, который часто сопровождается паническими атаками. Некоторые пациенты, испытывая страх, отказываются от процедуры или прерывают ее, нажав на «грушу». Врачи рекомендуют индивидуальный подход, и для таких случаев существуют открытые томографы, например, G-scan. Также можно провести исследование под седацией с помощью анестезиолога. В отдельных случаях пациенты могут отвлечься от переживаний, слушая любимую музыку через наушники, как, например, певица, успешно прошедшая процедуру, или боксер, который получал сигналы от лаборанта.

Существует также боязнь металлических имплантов, но большинство современных конструкций, сделанных из титана, безопасны для МРТ. Однако, для уверенности, пациентам рекомендуется предоставлять сертификаты об имплантах. МРТ можно выполнять и с татуировками, так как современные красители не содержат металлов.

Противопоказания для МРТ включают кардиостимуляторы и сосудистые клипсы. Специальные меры безопасности, такие как металлоискатели, помогают избежать осложнений. Несмотря на опасения по поводу лучевой нагрузки, следует отметить, что МРТ не использует излучение, что делает его безопасным методом диагностики. Пациенты должны понимать, что следование указаниям медперсонала поможет минимизировать страхи и получить точный диагноз.